В 1495 году, после смерти Киевского митрополита Ионы (Глезны), был избран и рукоположен на его место собором святителей: Вассианом Владимирским, Лукою Полоцким, Вассианом Туровским и Ионою Луцким. Из Константинополя от патриарха Нифонта были присланы благословенные листы, утверждавшие избрание святителя Макария на митрополичью кафедру.
Митрополит Макарий прилагал много усилий к ослаблению внутренних распрей среди духовенства и мирян, заботился о развитии Киевской митрополии. На свои личные средства упорядочил и украсил много храмов и монастырей. Он оберегал и защищал права православных от латинян. Для этого принимал меры, чтобы склонить литовского великого князя Александра Ягеллончика к православным.
Жил митрополит в столице Литвы, так как Киев постоянно подвергался набегам крымских татар.
В 1497 году, несмотря на опасность, послушный пастырскому долгу митрополит Макарий решил посетить Киевскую кафедру, особенно пострадавшую от вторгшихся татар, и на пути своем был ими убит. Было это 1 мая 1497 года, в селе Стриголове (Скрыгалове), на берегу реки, где святой совершал богослужение. Когда татары напали, святитель призвал молящихся спасаться, а сам остался у алтаря и принял мученическую смерть: его зарубили, отсекли ступню и голову. Вместе с ним были убиты и захвачены в плен многие из его паствы.
Верующие горячо оплакивали смерть святителя. Тело его было привезено в Киев и положено в соборном храме Святой Софии, где прославилось чудесами в 1625 и 1634 гг. Неоднократно возжигались чудным образом свечи перед иконостасом в соборе, где почивал святитель, а от гробницы его исходили свет и огонь. Святые мощи святителя Макария, прославленные от Бога нетлением и чудесами, покоятся в Киеве во Владимирском кафедральном соборе.
В 1897 году на берегу Припяти, где был убит святитель Макарий, была построена стела в память об этом трагическом событии, в Скрыгалове действует храм в честь священномученика Макария Киевского.
Молитвы
Тропарь священномученика Макария, митрополита Киевского, глас 8
Боже́ственныя Безкро́вныя соверша́я Же́ртвы,/ кровь твою́, от безбо́жных ага́рян излия́нную,/ в же́ртву непоро́чную прине́сл еси́ Влады́це твоему́, Пастыренача́льнику Христу́./ Его́же моли́, мо́лим тя,/ проли́ти гнев на язы́ки, хотя́щия бра́ней;/ христолюби́вое во́инство на́ше на враги́ укрепи́/ и ста́до твое́ от вся́ких бед неврежде́нно соблюди́,/ тебе́ бо кре́пкаго засту́пника почита́ем,/ но́вый священному́чениче,// святи́телю блаже́нный Мака́рие.
Кондак священномученика Макария, митрополита Киевского, глас 8
Весели́тся град Ки́ев,/ вели́кое сокро́вище стяжа́в,/ твое́ тле́нию неприча́стное те́ло,/ святи́телю блаже́нный Мака́рие,/ твой бо престо́л да́же до кро́ве от лю́тых враго́в наше́ствия храни́л еси́./ И ны́не Небе́сному предстои́ши Престо́лу,/ иде́же моли́твенно пред Творце́м помина́й нас, о́тче наш,/ да во всех беда́х име́ем тя прибе́жище и тобо́ю хва́лимся, зову́ще:// ра́дуйся, Мака́рие, архиере́ом честно́е украше́ние.
Молитва священномученику Макарию, митрополиту Киевскому
О, вели́кий уго́дниче Христо́в, святи́телю о́тче Мака́рие, в житии́ твое́м чад твои́х любо́вию, сме́рти крепча́йшею, возлюби́вый и за них ду́шу твою́ преда́вый, при́зри от Го́рних оби́телей на нас, вонми́ воздыха́нием на́шим серде́чным и помози́ нам, недосто́йным и смире́нным. Моли́ся, святи́телю ми́лостивый, да рече́т Он мир на лю́ди Своя́, и на преподо́бныя Своя́, и на обраща́ющия сердца́ к Нему́. Да́руй нам, о́тче наш, любве́ твоея́ ко Святе́й Ма́тери на́шей Це́ркви Христо́вой, укрепи́ ны, разсла́бленныя ду́хом, оте́ческия преда́ния храни́ти, и о мимоше́дших напа́стех па́мять спаси́тельную име́ти, и всегда́ благода́рственная Благоде́телю Бо́гу воспева́ти научи́. Предста́тельством твои́м у Престо́ла Го́спода сил испроси́ Це́ркви Христо́вой от ересе́й и раско́лов огражде́ние, к честны́м моще́м твои́м притека́ющим и чту́щим святу́ю па́мять твою́ исполне́ние благи́х их проше́ний да́ти и всем христиа́ном вся ко вре́менней и ве́чной жи́зни потре́бная дарова́ти, да прославля́ется о тебе́ Пречестно́е и́мя Отца́, и Сы́на, и Свята́го Ду́ха, ны́не, и при́сно, и во ве́ки веко́в. Ами́нь.